重点实验室采用依托单位领导、学术委员会指导下的主任负责制。中国科学院院士田中群任学术委员会主任，郑南峰院士等业界专家为委员，享受国务院特殊津贴的教授级高工史园担任实验室主任。

人员配置上，汇聚了一批来自各成员单位的优秀科研人才53人，其中：正高级14人、副高级18人、博士28人，涵盖材料科学、电化学、物理学等多个领域，形成了一支结构合理、创新能力强的科研团队。兼顾研究与管理需求，除电化学、材料科学等专业研究人员，各研究室，即材料检测研究室、电池检测研究室、梯次应用研究室和氢燃料电池性能研究室设技术带头人，还配备专职管理人员。实验室设室务委员会，由四家共建单位13名管理人员组成，保障工作开展。同时，明确综合办和管理办职责，强化成员单位间分工，实行人财物相对独立的管理机制，以及“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。